Разница - в трудоемкости и, соответственно, стоимости установки верстки на движок: использование специализированных шаблонов удешевляет и упрощает задачу.
Установка готовой верстки на сайт
Готовая верстка может представлять из себя либо набор статических HTML-страниц, сверстанных без оглядки на какую-либо CMS, либо набор шаблонов, сделанных специально для конкретного движка.